Il museo si trova nel centro storico di Perugia, all'interno della Rocca Paolina. Il materiale documentario allestito nei locali adiacenti la porta Marzia illustra la storia della Rocca, eretta tra il 1540 e il 1543 su progetto di Antonio da Sangallo per volontà di papa Paolo III Farnese, da cui prese il nome. Edificata inglobando l'intero quartiere medievale dei Baglioni, venne a sua volta abbattuta nel 1860, quando Perugia ottenne l’autonomia dal governo pontificio. Oggi il sistema di viabilità meccanizzata che ne attraversa le strutture è il principale asse di collegamento pedonale verso il centro cittadino.